Sukri, Akhmad (2014) Analisis filogeni kerbau lokal Indonesia (Bubalus bubalis) dengan gen cyt b berbasis biogeografi sebagai bahan ajar matakuliah bioinformatika / Akhmad Sukri. Doctoral thesis, Universitas Negeri Malang.
Full text not available from this repository.Abstract
Sukri Akhmad. 2014. Analisis Filogeni Kerbau Lokal Indonesia (Bubalus bubalis) dengan Gen Cyt b Berbasis Biogeografi sebagai Bahan Ajar Matakuliah Bioinformatika. Disertasi Program Studi Pendidikan Biologi Program Pascasarjana Universitas Negeri Malang. Pembimbing (1) Prof. Dr. agr. Mohamad Amin M.Si (II) Dr. Aris Winaya M.Si dan (III) Dr. Abdul Gofur M.Si. Kata kunci Filogeni Bubalus bubalis gen cyt b biogeografi bioinformatika. Penelitian ini dilatarbelakangi oleh menurunnya jumlah populasi kerbau secara nasional di Indonesia selama 10 tahun terakhir sejak tahun 2002 sampai tahun 2011. Padahal keberadaan ternak kerbau merupakan suatu kebutuhan dan sangat penting bagi masyarakat Indonesia. Ada tiga alasan mendasar pentingnya keberadaan ternak kerbau yaitu (1) secara ekologis kerbau merupakan sumber plasma nutfah yang harus dijaga kelestarian dan produktifitasnya (2) secara ekonomis yaitu sebagai penunjang program swasembada daging dan (3) dari segi sosial budaya kerbau merupakan bagian dari akar budaya masyarakat di berbagai daerah Indonesia seperti di Tana Toraja Bali dan sebagainya. 12288 12288 12288 Besarnya manfaat ternak kerbau dan semakin menurunnya jumlah populasi kerbau merupakan petunjuk perlunya upaya mempertahankan kelestarian kerbau lokal Indonesia melalui konservasi sumber daya genetik. Langkah yang dapat ditempuh dalam konservasi genetik adalah melalui inventarisasi sumber daya genetik. Salah satu aspek sumber daya genetik yang dapat dikaji dalam inventarisasi genetik kerbau di Indonesia adalah dengan menganalisis hubungan genetik atau filogeni kerbau lokal Indonesia. Informasi mengenai hubungan genetik kerbau lokal Indonesia juga dapat digunakan sebagai upaya tidak langsung dalam perbaikan mutu genetik kerbau lokal Indonesia melalui program seleksi bangsa murni tertentu dan kawin silang. Analisis hubungan kekerabatan di antara populasi kerbau lokal Indonesia dapat dilakukan menggunakan penanda molekular gen cyt b DNA mitokondria. Pengolahan data sekuen gen cyt b dalam penelitian ini banyak memanfaatkan program komputer dan aplikasi bioinformatika. Oleh karena itu proses pengolahan data dalam penelitian ini sangat relevan apabila dituangkan dalam bentuk buku ajar yang berisi proses pengolahan data khususnya DNA dan protein yaitu buku ajar Bioinformatika. 12288 12288 12288 Penelitian ini bertujuan untuk (1) mendeskripsikan variasi sekuen gen cyt b kerbau lokal Indonesia (Bubalus bubalis) yang meliputi jarak genetik similaritas substitusi nukleotida dan haplotype network dari biogeografi yang berbeda (2) menjelaskan hubungan kekerabatan kerbau lokal Indonesia (Bubalus bubalis) dari biogeografi yang berbeda berdasarkan variasi sekuen gen cyt b dan (3) mengembangkan buku ajar matakuliah Bioinformatika berdasarkan kajian filogeni kerbau lokal Indonesia berdasarkan sekuen gen cyt b. Tahapan penelitian dibagi mejadi tiga yaitu (1) pengambilan sampel darah isolasi DNA dan PCR. Sampel darah diambil dari 17 individu kerbau lokal Indonesia dari wilayah sampling. Proses isolasi DNA total (genom) dilakukan menggunakan KIT NucleospinR Quickpure Blood mengikuti prosedur isolasi yang telah ditentukan. Untuk mendeteksi DNA hasil isolasi digunakan elektroforesis gel agarose 0 8% dilanjutkan dengan tahapan PCR menggunakan sepasang primer parsial gen cyt b forward AAAAAGCTTCCATCCAACATCTCAGCATGA TGAAA dan reverse AAACTGCAGCCC CTCAGAATGATATTTGTCCTCA. (2) sekuensing dan analisis data produk PCR yang telah diseparasi pada gel agarose 1% selanjutnya disekuensing. Proses sekuensing dilakukan menurut prosedur ABI PRISM DNA Analyzer. Sekuen basa nukleotida gen cyt b hasil sekuensing kemudian disejajarkan dan diedit menggunakan program ClustalX dan BioEdit selanjutnya untuk menghitung nilai jarak genetik dan substitusi nukleotida serta konstruksi pohon filogenetik digunakan program MEGA 5. (3) pengembangan buku ajar Bioinformatika mengikuti prosedur pengembangan bahan ajar oleh Hanafin dan Peck (1988) yang terdiri dari tiga fase yaitu (1) analisis kebutuhan (2) desain dan (3) pengembangan dan implementasi. 12288 12288 12288 12288 Dari hasil penelitian ditemukan bahwa (1) nilai jarak genetik Bubalus bubalis Indonesia berkisar antara 0 00-0 079. Jarak genetik individu yang berasal dari daerah yang sama memiliki nilai yang lebih rendah dibandingkan nilai jarak genetik antar individu dari daerah yang berbeda (2) nilai similaritas Bubalus bubalis Indonesia berkisar antara 92 10%-100%. Berdasarkan nilai similaritas diketahui bahwa hubungan kekerabatan diantara individu kerbau yang berasal dari daerah yang sama lebih besar dibandingkan individu lain dari daerah yang berbeda (3) jumlah basa nukleotida yang mengalami substitusi transisi sebanyak 17 buah sedangkan untuk substitusi transversi sebanyak 6 buah. Substitusi transisi paling banyak terjadi pada basa TC kemudian berturut-turut CT AG dan GA sedangkan substitusi transversi paling banyak terjadi pada basa AC dan CA kemudian diikuti oleh substitusi basa TG dan AT. Sebagian besar substitusi yang ditemukan (TC) merupakan silent substitution (substitusi tersembunyi) yang tidak merubah asam amino (4) haplotype kerbau lokal Indonesia terbagi ke dalam 16 haplotype yang membentuk haplogroup sesuai dengan daerah atau bioigeografi masing-masing sehingga letak geografis berpengaruh terhadap tingkat kekerabatan kerbau lokal Indonesia (5) individu kerbau dari daerah yang sama memiliki hubungan kekerabatan yang lebih tinggi dibandingkan individu lain dari daerah berbeda (6) individu kerbau dari daerah yang sama memiliki hubungan kekerabatan yang lebih tinggi dibandingkan individu lain dari daerah berbeda yang disebabkan karena pengaruh migrasi dan sistem perkawinan antar populasi kerbau diantara wilayah di Indonesia (7) Hasil pengembangan buku ajar Bioinformatika sudah layak digunakan sebagai sumber belajar Bioinformatika berdasarkan hasil uji validasi ahli (kelayakan dan penyajian buku ajar kebenaran substansi atau isi dan ketepatan penggunaan bahasa) dan uji terbatas atau uji keterbacaan pada pengguna buku ajar. Berdasarkan hasil penelitian dapat disarankan (1) hasil analisis hubungan kekerabatan kerbau lokal Indonesia dapat dijadikan sebagai sumber informasi bagi para peneliti pemulia dan pemerintah dalam menentukan arah dan kebijakan program pelestarian dan pengembangan plasma nutfah kerbau di Indonesia (2) buku ajar Bioinformatika dapat digunakan sebagai bahan ajar dalam perkuliahan karena telah memenuhi kelayakan berdasarkan validasi ahli dan uji terbatas pada mahasiswa.
| Item Type: | Thesis (Doctoral) |
|---|---|
| Subjects: | L Education > L Education (General) |
| Divisions: | Fakultas Matematika dan IPA (FMIPA) > Departemen Biologi (BIO) > S3 Pendidikan Biologi |
| Depositing User: | library UM |
| Date Deposited: | 17 Jul 2014 04:29 |
| Last Modified: | 09 Sep 2014 03:00 |
| URI: | http://repository.um.ac.id/id/eprint/64630 |
Actions (login required)
 |
View Item |