Makkaafi, Suparno Putera (2017) Analisis perubahan asam amino yang diterjemahkan gen Cytochrome b Tarsius sp. Form Buton serta pengembangannya sebagai model evolusi primata Indonesia / Suparno Putera Makkaafi. Masters thesis, Universitas Negeri Malang.
Full text not available from this repository.Abstract
ABSTRAK Makkadafi Suparno Putera. 2017. Analisis Perubahan Asam Amino yang Diterjemahkan oleh Gen Cytochrome b Tarsius sp. form Buton dan Pengembangannya Sebagai Modul Evolusi. Tesis. Jurusan Biologi. Program Pascasarjana Universitas Negeri Malang. Pembimbing (I) Prof. Dr. A.D. Corebima M. Pd. (II) Dr. Fatchur Rohman M. Si.. Kata kunci Asam Amino Cytochrome b Tarsius Modul Pohon Filogenetik Penelitian ini dilatarbelakangi oleh adanya spesies hewan mengalami endemisme di wilayah Pulau Sulawesi. Salah satu diantara beberapa spesies tersebut adalah tarsius. Kajian molekuler dari penelitian-penelitian terbaru menunjukkan bahwa terdapat perbedaan asam amino pada masing-masing spesies tarsius yang membedakan satu spesies dengan spesies lain. Berdasarkan hal tersebut maka dilakukan penelitian yang bertujuan 1) mengetahui perubahan asam amino yang diterjemahkan oleh gen cytochrome b tarsius dibandingkan dengan spesies lain yang mewakili tiga genus tarsius. 2) mengetahui bagaimana kekerabatan antara Tarsius sp. form Buton dengan spesies tarsius lain yang berada di wilayah Sulawesi Kalimantan-Sumatera serta Filipina berdasarkan sekuen asam amino gen cytochrome b 3) menghasilkan produk berupa modul berbasis hasil penelitian. Jenis penelitian ini adalah penelitian kualitatif deskriptif eksploratif yang bertujuan untuk menganalisis perubahan asam amino yang terjadi pada spesies Tarsius Sulawesi Tenggara khususnya di daerah Buton. Sumber data berasal dari tail cut sampling yang diambil dari ujung ekor tarsius yang ada di Pulau Buton Sulawesi Tenggara dan kemudian selanjutnya dianalisis sekuens dari gen cytochrome b guna menentukan asam amino yang diterjemahkan oleh sekuens tersebut. Informasi perbandingan perubahan asam amino yang diterjemahkan diambil dari GenBank. Rekonstruksi pohon filogenetik selanjutnya dilakukan dengan metode Maximum Likelihood dengan model General Reversibel Mitochondria (mtREV). Penelitian terdiri dari empat tahapan yaitu persiapan pengambilan sampel ekstraksi amplifikasi penjajaran uji pola substitusi dan analisis hasil sekuensing. Hasil penelitian awal digunakan sebagai dasar penyusunan modul evolusi primata indonesia pada penelitian tahap II. Modul dikembangkan dengan model pengembangan 4D. Validasi dilakukan oleh ahli materi dan ahli media pembelajaran serta uji kelompok kecil oleh mahasiswa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 1) Sampel yang didapatkan pada penelitian ini berdasarkan hasil BLAST merupakan spesies Tarsius sp. form Buton. Perbandingan asam amino spesies yang ditemukan dengan 12 sekuen lain dari database mengungkapkan bahwa perubahan terjadi di 65 situs beragam dengan 9 diantaranya menyebabkan perubahan asam amino. 2) Rekonstruksi pohon filogenetik dengan metode Maximum Likelihood menunjukkan bahwa sampel yang didapat yaitu Tarsius sp form Buton berada dalam satu clade dengan Tarsius tarsier kompleks sehingga dapat dinyatakan lebih berkerabat dekat dengan Tarsius tarsier kompleks dibandingkan dengan C. bancanus dan C. syrichta. Hal ini diperkuat dengan validasi dari nilai bootstrap sebesar 96. 3) Modul yang dihasilkan pada penelitian ini telah divalidasi dan diujicobakan kepada kelompok kecil mahasiswa. Nilai yang didapat dari validator ahli materi adalah 84 38%. Nilai yang didapat dari validator ahli media adalah 94 16% dan hasil uji coba kelompok kecil adalah 82%. Hasil yang didapat bahwa modul valid dan layak untuk digunakan. ABSTRACT Makkadafi Suparno Putera. 2017. Analysis of Amino Acid Changes Translated from Cytochrome b Gene and Its Develop as Indonesian s Primate Evolution Module. Thesis. Post Graduate in Biology Department at State University Malang. Supervisors (I) Prof. Dr. A.D. Corebima M. Pd. (II) Dr. Fatchur Rohman M. Si.. Keywords Amino Acid Cytochrome b Tarsius Module Phylogenetic Tree The background of this research is there are species of endemic animal in Sulawesi Island region. One of them is tarsius. Molecular study from latest researchs show that there is difference between amino acid in each tarsius species. According to that this research aim to 1) determine the amino acid changes translated by cytochrome b gene in tarsius compared to other species representing 3 genus. 2) determine how phylogeny between Tarsius sp. form Buton and other species which taken from Sulawesi Kalimantan-Sumatera and Philipine according to amino acid sequence in cytochrome b gene. 3) making product in form on module based on research. This reserch is qualitative descriptive and explorative research aim to analyze amino acid changes that happens in South East Sulawesi s tarsius especially in Buton Island. Source of data taken with tail cut sampling from tip of tarsius tail then this sample s cytochrome b analyzed to determine amino acid translated by that sequence. The information we get from that analysis compared with informatin from GenBank. Phylogenetic tree s reconstruction done by Maximum Likelihood method and General Reversibel Mitochondria (mtREV) model. There is 4 procedure in this research which is preparation collecting sampel extraction amplification sequence allignment substitution pattern test and sequence result analysis. First phase research is used as base for designing indonesian s primate evolution module at second phase research. Module developed with 4D model. Validation done by subject expert and instructional media expert with small group test. Result of this research shows that 1) sample taken from this research based on BLAST research is Tarsius sp. form Buton. The comparison between amino acid from sample and other 8 sequence revealed that changes happen in 65 site and 9 of them making changes in amino acid translated. 2) phylogenetic tree made by Maximum Likelihood method shows that Tarsius sp. form Buton is in one clade with Tarsius tarsier Complex so we can conclude that Tarsius sp. form Buton closely related to Tarsius tarsier Complex than C. bancanus and C. syrichta with validation from bootstrap score 96. 3) module has been validate and tested to small group students. Score from subject experts is 84 38%. Score from instructional media expert is 94 16% and small group test is 82%. Result from phase II research is module valid and worth to use.
| Item Type: | Thesis (Masters) |
|---|---|
| Subjects: | L Education > L Education (General) |
| Divisions: | Fakultas Matematika dan IPA (FMIPA) > Departemen Biologi (BIO) > S2 Pendidikan Biologi |
| Depositing User: | library UM |
| Date Deposited: | 15 Jun 2017 04:29 |
| Last Modified: | 09 Sep 2017 03:00 |
| URI: | http://repository.um.ac.id/id/eprint/60695 |
Actions (login required)
 |
View Item |