Ichsan, Mochammad (2014) Penapisan secara virtual senyawa alami kandidat inhibitor komplek protein Impa1/p65/p50 berbasis NLS-Masking untuk pengembangan buku ajar matakuliah bioinformatika / Mochammad Ichsan. Masters thesis, Universitas Negeri Malang.
Full text not available from this repository.Abstract
Bioinformatika adalah merupakan salah satu mata kuliah baru di universitas Negeri Malang dan terus mengalami perkembangan dari tahun ke tahun. Salah satu perkembangan yang dikehendaki oleh sebagian besar mahasiswa adalah penambahan materi tentang computer-aided anticancer drug design (CAADD) (data kuisioner 2013). Kanker merupakan penyebab 8 2 juta kematian penduduk dunia dan hingga saat ini upaya pengembangan obat anti kanker masih menjadi fokus utama penelitian dunia. Berkaitan dengan hal ini prodi Biologi dinilai perlu untuk membekali mahasiswa dengan materi CAADD mengingat Indonesia khususnya pulau Jawa Sulawesi dan Nusa Tenggara Timur merupakan daerah dengan laju pertambahan penderita kanker yang sangat tinggi (mencapai 70% WHO 2012). Salah satu faktor penyebab kanker adalah aktivasi protein p65 yang menyebabkan terbentuknya komplek protein Imp 945 1/p65/p50. Oleh karena itu penghambatan yang diberikan selama proses pembentukan komplek protein Imp 945 1/p65/p50 diharapkan dapat menghambat pertumbuhan dan perkembangan sel kanker. Berkaitan dengan latar belakang ini penelitian dan pengembangan ini dilakukan dengan tujuan untuk (1) menyeleksi senyawa alami kandidat inhibitor komplek protein Imp 945 1/p65/p50 berbasis NLS-masking menggunakan metode virtual screening dan (2) mengembangkan sebuah buku ajar mata kuliah Bioinformatika berdasarkan hasil penelitian tahap 1. 12288 12288 12288 12288 Penelitian tahap 1 diawali dengan pemodelan struktur 3D protein menggunakan SwissModel. Struktur stereokimia model diperbaiki menggunakan ModRefiner dan selanjutnya divalidasi menggunakan program Procheck. Dari tahapan ini diperoleh 3 model dengan struktur stereokimia yang sangat baik ( 90%) yaitu p50 (6x refinement 93 6%) p65 (8x refinement 94 8%) dan Imp 945 1 (93 8%). Model komplek heterodimer p65/p50 (model.000.02) dan model komplek protein Imp 945 1/p65/p50 diperoleh dari web server ClusPro 2.0. Melalui metode virtual screening menggunakan software PyRx 0 8 terhadap database senyawa alami ZINC didapatkan senyawa zinc_13411589 dan zinc_8382455 (narcicrinine) sebagai senyawa yang memiliki binding affinity paling negatif terhadap motif NLS protein p65 yaitu -9 7 dan -8 9. Selanjutnya potensi anti kanker narcicrinine diketahui berdasarkan rerata RMSD komplek protein-ligan (komplek protein Imp 945 1/p65/p50-zinc_8382455) menggunakan metode simulasi dinamika molekuler (software YASARA) selama 1.225 pico seconds. Hasil dari penelitian tahap I kemudian digunakan untuk mengembangkan buku ajar mata kuliah bioinformatika menggunakan metode pengembangan Dick and Carey. Produk berupa buku ajar untuk mata kuliah Bioinformatika yang dihasilkan dari tahapan ini terdiri atas 10 bab yaitu Bioinformatika Computer-aided Drug Design Metode Pemodelan Molekul Metode Pengaitan Molekul Metode Virtual Screening Metode Simulasi Dinamika Molekuler Transduksi Sinyal Seluler Tutorial Computer-Aided Drug Design (studi kasus) dan Hasil dan pembahasan (studi kasus). Berdasarkan hasil validasi oleh 4 validator ahli isi materi 1 validator ahli media pembelajaran dan 15 validator perorangan dapat disimpulkan bahwa buku ajar yang dikembangkan berkualitas cukup baik (dengan beberapa revisi) berdasarkan rerata nilai P yang lebih tinggi dari 80%.
| Item Type: | Thesis (Masters) |
|---|---|
| Subjects: | L Education > L Education (General) |
| Divisions: | Fakultas Matematika dan IPA (FMIPA) > Departemen Biologi (BIO) > S2 Pendidikan Biologi |
| Depositing User: | library UM |
| Date Deposited: | 14 Aug 2014 04:29 |
| Last Modified: | 09 Sep 2014 03:00 |
| URI: | http://repository.um.ac.id/id/eprint/60489 |
Actions (login required)
 |
View Item |