Rukmini (2010) Identifikasi variasi genetik kerbau (Bubalus bubalis) lokal Aceh Besar berbasis mikrosatelit sebagai petunjuk praktikum matakuliah teknik analisis biologi molekuler / Rukmini. Masters thesis, Universitas Negeri Malang.
Full text not available from this repository.Abstract
Kata kunci kerbau lokal Aceh Besar variasi genetik mikrosatelit petunjuk praktikum. Kerbau merupakan spesies dari peternakan yang penting dalam memberikan kontribusi pada pemenuhan kebutuhan protein hewani. Indonesia adalah negara yang beriklim tropis yang sangat cocok untuk pertumbuhan dan perkembangan ternak kerbau. Di Indonesia terdapat 3 jenis kerbau yaitu kerbau lumpur (Swamp buffalo) kerbau sungai (River buffalo) dan kerbau hasil persilangan antara kerbau lumpur dengan kerbau sungai. Salah satu jenis kerbau yang terdapat di Aceh Besar adalah kerbau jenis lumpur. Pertumbuhan dan perkembangan kerbau lumpur yang ada di Aceh Besar berdasarkan data dari Dinas Peternakan kabupaten Aceh Besar pada tahun 2009 berjumlah 38.903 ekor yang terdiri dari 9.905 ekor kerbau jantan dan 28.998 ekor kerbau betina.Untuk mempertahankan keberadaaan kerbau lokal yang ada di Aceh Besar diperlukan upaya yang optimal berupa konservasi dan hibridisasi. Bila konservasi dan hibridisasi tidak segera dilakukan pada ternak kerbau lumpur di Aceh Besar akan dikhawatirkan pada suatu saat nanti mengalami penurunan populasi bahkan mengalami kepunahan serta kehilangan plasma nutfah keanekaragaman hayati di kabupaten Aceh Besar. Kehilangan plasma nutfah dapat dihindari dengan deteksi keragaman genetik. Langkah-langkah untuk deteksi keragaman genetik dapat dilakukan melalui pendekatan dengan pengamatan morfologi dan molekuler. Salah satu penanda molekuler yang dapat dimanfaatkan dalam kegiatan identifikasi genetik adalah mikrosatelit. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui (1) variasi fenotip kerbau lumpur di Aceh Besar (2) Variasi genotip kerbau lumpur di Aceh Besar berbasis mikrosatelit (3) Implikasi hasil penelitian ini dapat digunakan sebagai petunjuk praktikum matakuliah Teknik Analisis Biologi Molekuler. Rancangan penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah jenis penelitian deskriptif. Populasi dalam penelitian ini adalah seluruh kerbau lumpur lokal yang ada di kabupaten Aceh Besar. Sampel dalam penelitian ini adalah kerbau lumpur lokal yang terdapat dalam beberapa wilayah di Aceh Besar. Pengambilan sampel dilakukan pada 4 kecamatan yaitu 1) kecamatan Seulimum 2) kecamatan Jantho 3) kecamatan Indrapuri dan 4) kecamatan Masjid Raya. Jumlah sampel yang diambil pada masing-masing jumlah sampel dan diambil secara acak (random sampling). Dengan demikian didapatkan bahwa jumlah sampel yang digunakan dalam penelitian sebanyak 27 ekor kerbau lumpur lokal Aceh Besar. Pengamatan pola variasi genetik dilakukan mulai tahapan isolasi DNA yang dilanjutkan dengan elektroforesis dengan menggunakan gel agarose kemudian dilakukan PCR dengan menggunakan primer 1 HEL 009 primer 4 INRA 032 dan primer 5 ETH 225 dan dilanjutkan dengan elektroforesis dengan gel poliacrilamide. Hasil elektroforesis gel diperoleh band (pita DNA) yang kemudian akan dianalisis dengan menggunakan GENEPOP ver 3.1d. Hasil penelitian deskripsi fenotip menggambarkan bentuk tubuh warna tubuh warna mata bentuk tanduk dan arah tanduk populasi kerbau lumpur Seulimum populasi kerbau lumpur Jantho populasi kerbau lumpur Indrapuri populasi kerbau lumpur Masjid Raya. Hasil deskripsi genotip analisis menunjukkan bahwa variasi genotip populasi kerbau lumpur Seulimum lebih tinggi dibandingkan dengan populasi kerbau lumpur Jantho populasi kerbau lumpur Indrapuri dan populasi kerbau lumpur Masjid Raya. Hal ini dapat dilihat dari rata-rata nilai informasi polimorfik aleh pada populasi kerbau lumpur Seulimum yaitu 53% rata-rata nilai informasi polimorfik alel pada populasi kerbau lumpur Jantho yaitu 46% rata-rata nilai informasi polimorfik alel pada populasi kerbau lumpur Indrapuri yaitu 41% dan rata-rata nilai informasi polimorfik alel pada populasi kerbau lumpur Masjid Raya yaitu 29%. Nilai frekuensi alel ketiga primer pada lokus mikrosatelit untuk populasi kerbau lumpur Seulimum berkisar 0 06-0 65 nilai frekuensi alel ke tiga primer pada lokus mikrosatelit untuk populasi kerbau lumpur Jantho berkisar 0 21-0 63 nilai frekuansi alel ketiga primer pada lokus mikrosatelit untuk populasi kerbau lumpur Indrapuri berkisar 0 30-0 70 dan nilai frekuensi alel ke tiga primer pada lokus mikrosatelit untuk populasi kerbau lumpur Masjid Raya berkisar 0 31-0 87. Setelah diketahui nilai frekuensi alel maka analisis dilanjutkan dengan pencarian nilai heterozigositas nilai rata-rata heterozigositas pada populasi kerbau lumpur Seulimum dari tiga primer pada lokus mikrosatelit sebesar 0 415% nilai rata-rata heterozigositas pada populasi kerbau lumpur Jantho dari ketiga primer pada lokus mikrosatelit sebesar 0 276% nilai rata-rata heterozigositas pada populasi kerbau lumpur Indrapuri dari ketiga primer pada lokus mikrosatelit sebesar 0 267% sedangkan nilai rata-rata heterozigositas pada populasi kerbau lumpur Masjid Raya dari ketiga primer pada lokus mikrosatelit sebesar 0 291%. Pada kerbau lumpur Seulimum nilai rata-rata heterozigositas lebih tinggi dibandingkan dengan nilai rata-rata heterozigositas pada populasi kerbau lumpur Jantho populasi kerbau lumpur Indrapuri dan populasi kerbau lumpur Masjid Raya. Hasil penelitian ini dapat diaplikasikan dalam pembelajaran yaitu berupa petunjuk praktikum. Petunjuk praktikum matakuliah Teknik Analisis Biologi Molekuler ini secara umum memuat beberapa konsep yaitu petunjuk umum pelaksanaan praktikum dan sistem penilaian praktikum pengenalan alat dan beberapa bagian laboratorium Molekuler peralatan utama di laboratorium molekuler pengenalan bahan isolasi DNA Hewan penghitungan perkiraan konsentrasi DNA Polymerase Chain Reaction (PCR) deteksi DNA produk PCR melalui elektroforesis konsep-konsep tersebut saling berkaitan satu dengan yang lainnya. Oleh karena itu diharapkan mahasiswa dapat mengikuti dengan baik keseluruhan topik praktikum yang ada sehingga memiliki penguasaan pengetahuan dan ketrampilan yang utuh terhadap matakuliah TABM dan teknik analisisnya. Secara khusus tujuan dari petunjuk praktikum ini agar mahasiswa menguasai terhadap teknik analisis biologi molekuler yang terdiri dari berbagai macam teknik yang telah ada salah satu teknik biologi molekuler yang perlu dipelajari oleh mahasiswa berupa teknik mikrosatelit. Petunjuk praktikum yang telah dibuat tersebut dapat dipergunakan oleh dosen dan mahasiswa.
| Item Type: | Thesis (Masters) |
|---|---|
| Subjects: | L Education > L Education (General) |
| Divisions: | Fakultas Matematika dan IPA (FMIPA) > Departemen Biologi (BIO) > S2 Pendidikan Biologi |
| Depositing User: | library UM |
| Date Deposited: | 27 Oct 2010 04:29 |
| Last Modified: | 09 Sep 2010 03:00 |
| URI: | http://repository.um.ac.id/id/eprint/60311 |
Actions (login required)
 |
View Item |