Oktaviana, Meta Asha Oktaviana (2023) Kloning gen pengkode ?-laktamase dan analisis struktur protein secara in silico sumber plasmid pla230 / Meta Asha Oktaviana. Diploma thesis, Universitas Negeri Malang.
Full text not available from this repository.Abstract
Eksplorasi secara in silico terhadap beberapa sumber plasmid rekombinan oleh Tim Peneliti Haryono pada tahun 2021 menginformasikan bahwa plasmid rekombinan pLA230 merupakan salah satu plasmid dengan gen insert penyandi enzim beta -laktamase dan dikonfirmasi bahwa protein tersebut memiliki aktivitas yang spesifik mendegradasi antibiotik penisilin dan turunannya. Sekuen gen target pada plasmid rekombinan pLA230 yang telah diketahui dapat mempermudah proses isolasi DNA sehingga mendukung dalam pemanfaatan sebagai sumber gen beta -laktamase yang lebih spesifik dibandingkan dengan isolasi gen dari organisme wildtype. Berdasarkan informasi terkait potensi gen beta -laktamase sumber pLA230 selanjutnya dapat digunakan sebagai landasan pendekatan untuk melakukan eksplorasi gen secara langsung melalui isolasi gen beta -laktamase dari plasmid pLA230 dan analisis hasil pembacaan sekuensing gen untuk memvalidasi kondisi terkini sekuen gen yang berhasil diisolasi dan dikloning serta analisis secara in silico. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan gen pengkode beta -laktamase dari plasmid rekombinan pLA230 melalui metode PCR mendapatkan E.coli transforman pembawa vektor pTA2 dengan gen insert penyandi beta -laktamase dari pLA230 melalui metode TA kloning sebagai strategi penyimpanan gen hasil isolasi serta mendapatkan informasi terkait sumber struktur serta kelompok protein beta -laktamase yang didapatkan melalui analisis data hasil sekuensing menggunakan software bioinformatika secara in silico. Amplifikasi gen beta -laktamase dilakukan menggunakan metode (Polymerase Chain Reaction) PCR untuk mendapatkan DNA target dan dilakukan kloning gen beta -laktamase hasil amplifikasi ke dalam vektor pTA2 untuk tujuan penyimpanan. DNA hasil kloning selanjutnya dilakukan sekuensing untuk mengetahui kondisi gen serta sebagai bahan untuk analisis struktur protein secara in silico. Penelitian ini berhasil mendapatkan gen penyandi enzim beta -laktamase utuh sepanjang 861 pb dari pLA230 yang diketahui berdasarkan data hasil penyejajaran antara sekuen origin dari peta plasmid rekombinan pLA230 dengan sekuen klon hasil pembacaan dengan metode sekuensing. Perbayakan 861 pb gen pengkode beta -laktamase hasil amplifikasi menggunakan metode TA kloning pada vektor pTA2 menghasilkan trasforman positif dengan gen target yang dapat tumbuh dengan baik pada media selektif karena penggunaan vektor dengan marker skrining antibiotik yang sesuai. Analisis sekuen gen beta -laktamase hasil sekuesing menggunakan software bioinformatika secara in silico menghasilkan informasi sebagai berikut (a) Prediksi organisme sumber gen beta -laktamase berdasarkan hasil analisis menggunakan software Blastp menujukan bahwa kemungkinan besar gen tersebut berasal dari Klebsiella pneumoniae Escherichia coli dan Acinetobacter haemolyticus dengan persentase kepercayaan sebesar 99 95% 99 30% dan 99 30%. (b) Pemodelan tersier protein menggunakan software I-TASSER menunjukan 5 model protein dengan C score tertinggi sebesar -0 07 pada model ke 1. (c) Hasil analisis menginformasikan bahwa protein beta -laktamase tersebut merupakan kelompok Extended Spectrum Beta Lactamase (ESBL) dari kelas A yang merupakan kelas Serin Beta Laktamase (SBLs) dengan kemiripan spesifik terbesar pada protein jenis SHV-1 beta -laktamase (Sulphydryl Variable beta laktamase) yang merupakan jenis enzim beta -laktamase yang memiliki aktivitas spesifik pada antibiotik penisilin dan protein TEM-1 beta -laktamase (Analysis of Temoniera beta lactamase) yang merupakan jenis beta -laktamase kelas A (SBLs) dari bakteri Gram positif dan negatif dengan Enzim Commission Number (EC) yakni 3.2.5.6.
| Item Type: | Thesis (Diploma) |
|---|---|
| Subjects: | ?? ?? |
| Divisions: | ?? NBIOT ?? |
| Depositing User: | Users 2 not found. |
| Date Deposited: | 05 Jun 2023 04:29 |
| Last Modified: | 09 Sep 2023 03:00 |
| URI: | http://repository.um.ac.id/id/eprint/291576 |
Actions (login required)
 |
View Item |