Potensi senyawa alami dari bawang putih (Allium sativum) tunggal lokal Jawa Timur sebagai inhibitor enzim LpxC dalam biosintesis lipopolisakarida pada bakteri Pseudomonas aeruginosa melalui virtual screening / Nur Fitriana

Fitriana, Nur (2018) Potensi senyawa alami dari bawang putih (Allium sativum) tunggal lokal Jawa Timur sebagai inhibitor enzim LpxC dalam biosintesis lipopolisakarida pada bakteri Pseudomonas aeruginosa melalui virtual screening / Nur Fitriana. Diploma thesis, Universitas Negeri Malang.

Full text not available from this repository.

Abstract

RINGKASAN Fitriana, Nur. 2017. Potensi Senyawa Alami dari Bawang Putih (Allium sativum) Tunggal Lokal Jawa Timur sebagai Inhibitor Enzim LpxC dalam Biosintesis Lipopolisakarida pada Bakteri P. aeruginosa melalui Virtual Screening. Skripsi. Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang. Pembimbing: (I) Dr. Sri Rahayu Lestari, M. Si., (II) Dr. Betty Lukiati, M. S. Kata Kunci: Enzim LpxC, Infeksi Nosokomial, Molecular Docking, P. aeruginosa, Senyawa Organosulfur Infeksi nosokomial merupakan infeksi yang terjadi pada penderita yang sedang atau telah dirawat di rumah sakit. Pseudomonas aeruginosa merupakan salah satu bakteri yang dapat menyebabkan infeksi nosokomial dengan prevalensi cukup tinggi di berbagai negara. 6-16 % infeksi nosokomial di Indonesia disebabkan oleh P. aeruginosa. P. aeruginosa merupakan kelompok bakteri Gram negatif dengan tingkat resistensi tinggi karena memiliki struktur lipopolisakarida (LPS) pada lapisan terluar sistem membran ganda. LPS tersusun atas tiga komponen, salah satunya adalah lipid A yang bersifat responsibel terhadap efek toksik pada inang. Sintesis lipid A terjadi di dalam sitoplasma dan difasilitasi oleh sembilan enzim berbeda. Enzim UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase atau yang dikenal dengan enzim LpxC merupakan katalisator pertama dalam sintesis lipid A dan menjadi salah satu target dalam pengembangan antibiotik. Pengembangan antibiotik untuk mengobati infeksi P. aeruginosa dilakukan karena bakteri ini telah memiliki resistensi yang tinggi terhadap berbagai antibiotik sintetis. Penggunaan antibiotik sintetis juga menyebabkan banyak efek samping, bahkan dapat menyebabkan kematian pada pengguna. Pengembangan antibiotik yang sedang marak dilakukan adalah dengan menggunakan senyawa alami, salah satunya adalah bawang putih (Alliium sativum) tunggal. Bawang putih tunggal memiliki kandungan organosulfur, seperti Alliin, Allicin, dan Ajoene. Keempat senyawa organosulfur diketahui memiliki aktivitas antibakteri dengan spektrum yang cukup luas. Tujuan penelitian ini adalah memprediksi potensi senyawa yang terkandung dalam bawang putih (Allium sativum) tunggal sebagai agen antibakteri melalui virtual screening. Penelitian ini dilakukan di Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Malang pada bulan Agustus sampai November 2017. Potensi keempat senyawa organosulfur sebagai agen antibakteri diketahui dengan menggunakan web server PASS dan melakukan virtual screening melalui metode molecular docking. Nilai Pa potensi senyawa organosulfur yang diperoleh dari web server PASS dianalisis menggunakan tiga kriteria, yaitu (1) Pa > 0,7, (2) 0,5 < Pa < 0,7, (3) Pa < 0,5. Hasil molecular docking dianalisis melaluli perbandingan nilai afinitas pengikatan (< 0), residu asam amino yang dihubungkan dengan ikatan hidrogen, dan interaksi hidrofobik ligan-reseptor. Data yang diperoleh dianalisis secara deskriptif kualitatif dengan cara membandingkan masing-masing interaksi ligan-reseptor. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keempat senyawa organosulfur berpotensi sebagai agen antibakteri. Kemampuan tersebut ditunjukkan melaluiviii besaran nilai Probability activity (Pa) dan sisi aktif pengikatan yang sama dengan senyawa kontrol pada enzim LpxC. Sisi aktif pengikatan yang sama diketahui melalui ikatan hidrogen dengan residu asam amino (Ser295, Val182, dan Tyr 296) dan interaksi hidrofobik antara senyawa dengan asam amino (Phe152, Phe181, Gly85, Phe176, Ala84, Val182, Ser180, Ile241, Leu86, Tyr296, Ser295, dan Met297) dari enzim. Banyaknya residu asam amino dan interaksi hidrofobik yang terbentuk antara senyawa dengan enzim menunjukkan bahwa senyawa memiliki aktivitas biologis sangat kuat.

Item Type: Thesis (Diploma)
Subjects: ?? ??
Divisions: Fakultas Matematika dan IPA (FMIPA) > Jurusan Biologi (BIO) > S1 Biologi
Depositing User: Users 2 not found.
Date Deposited: 26 Jan 2018 04:29
Last Modified: 09 Sep 2018 03:00
URI: http://repository.um.ac.id/id/eprint/26846

Actions (login required)

View Item View Item