Astrina, Aninda Rahma (2013) Analisis urutan gen pengkode 16S rRNA (16S rDNA) sebagai acuan identifikasi secara genetika molekul untuk bakteri indigen Pseudomonas sp. / Aninda Rahma Astrina. Diploma thesis, Universitas Negeri Malang.
Full text not available from this repository.Abstract
Kata Kunci 16S rDNA Pseudomonas Genetika dan Protease Penelitian sebelumnya telah berhasil mengisolasi bakteri indigen penghasil protease dari tanah yang disebut isolat ND1. Uji fenotip menunjukkan isolat tersebut adalah Pseudomonas fluorescens. Dalam rangka mengklarifikasi kebenaran spesies mikroba penghasil protease tersebut telah dilakukan penelitian untuk menganalisis urutan DNA 16S rRNA isolat ND1 sehingga diketahui spesies serta hubungan kekerabatan dengan bakteri lain. Penelitian ini dimulai dengan pembebasan DNA genom dari sel menggunakan buffer lisis. DNA genom total isolat ND1 kemudian diamplifikasi/diperbanyak pada daerah 16S rDNA dengan teknik PCR menggunakan primer 63f dan 1387r. Proses amplifikasi diawali dengan pemanasan awal 94 C selama 2 menit kemudian memasuki siklus denaturation annealing dan elongation berturut-turut 94 C selama 30 detik 55 C selama 40 detik dan 72 C selama 30 detik berlangsung sebanyak 30 siklus. Kemudian diakhiri dengan final extension selama 5 menit pada suhu 72 C. Selanjutnya dielektroforesis urutan basa nukleotida amplikon tersebut dibaca dengan menggunakan instrumen ABI PRISM 310 Genetik Analyzer di UIN Malang. Urutan basa nukleotida selanjutnya dianalisis menggunakan program BLAST pada situs NCBI. Untuk mengetahui filogeni/kekerabatan dengan organisme lain hasil sekuensing 16S rDNA Isolat ND1 tersebut dibandingkan dengan data sekuen 16S rDNA beberapa spesies yang diperoleh dari bank data. Data sekuen 16S rDNA tersebut kemudian dialignment dengan program clustalX ver 2.0. Kemudian pohon filogenetik dibuat dengan menggunakan program MEGA ver 5.03 dengan metode statistik Neighbor-Joining Tree dengan model p-distances tingkat 1000 bootstrap. Nanodrop spektrofotometer menunjukkan konsentrasi DNA genom yang berhasil dibebaskan dari sel sebesar 2191.1 ng/ml dan memiliki rasio absorbansi 260/280 nm sebesar 1 64. Hasil PCR gen 16S rDNA ditunjukkan dengan pita tunggal pada gel elektroforesis dengan ukuran sekitar 1300 pb. Hasil sekuensing menggunakan primer forward dan reverse menghasilkan sekuen dengan 1282 pb yang dengan program BLAST menunjukkan bahwa isolat ND1 tersebut memiliki nilai tingkat identitas maksimum 99% dengan Pseudomonas stutzeri. Berdasarkan analisis pohon filogenetik bakteri isolat ND1 memiliki hubungan kekerabatan yang jauh dengan Pseudomonas fluorescens yang merupakan bakteri dugaan awal namun memiliki hubungan kekerabatan yang sangat dekat (99%) dengan Pseudomonas stutzeri ATCC 17588 LMG 11199 strain ATCC 17588 dan Pseudomonas stutzeri A1501.
| Item Type: | Thesis (Diploma) |
|---|---|
| Subjects: | Q Science > QD Chemistry |
| Divisions: | Fakultas Matematika dan IPA (FMIPA) > Departemen Kimia (KIM) > S1 Kimia |
| Depositing User: | library UM |
| Date Deposited: | 30 Jul 2013 04:29 |
| Last Modified: | 09 Sep 2013 03:00 |
| URI: | http://repository.um.ac.id/id/eprint/23705 |
Actions (login required)
 |
View Item |