Potensi sifat lahan cekaman kekeringan berdasarkan gen DREB24 serta identifikasi posisi filogenetik berdasarkan gen rbcL pada padi varietas berlian, SOJ A3 dan Jawa / Yudrik Lathif

Lathif, Yudrik (2020) Potensi sifat lahan cekaman kekeringan berdasarkan gen DREB24 serta identifikasi posisi filogenetik berdasarkan gen rbcL pada padi varietas berlian, SOJ A3 dan Jawa / Yudrik Lathif. Masters thesis, Universitas Negeri Malang.

Full text not available from this repository.

Abstract

RINGKASAN Lathif, Yudrik. 2018. Potensi Sifat Tahan Cekaman Kekeringan Berdasarkan Gen DREB2A serta Identifikasi Posisi Filogenetik Berdasarkan Gen rbcL pada Padi Varietas Berlian, SOJ A3 dan Jawa. Tesis, Program, Studi Megister Biologi, Pasca Sarjana Universitas Negeri Malang. Pembimbing: (I) Dra. Dwi Listyorini, M.Si, D.Sc., (II) Dr. Suharti, S.Pd, M.Si Kata kunci: Cekaman kekeringan, Posisi filogenetik, Varietas padi lokal, Gen DREB2A, Gen rbcL Padi (Oryza sativa L.) adalah salah satu tanaman pangan penting masyarakat Indonesia. Cekaman kekeringan dalam penanaman padi adalah permasalahan umum bagi para petani. Penelitian tentang cekaman kekeringan pada padi perlu dilakukan untuk mengatasi masalah ketersediaan pangan. Varietas padi lokal Indonesia yang tahan terhadap cekaman kekeringan belum banyak diteliti. Kehadiran varietas unggul nasional dapat mengurangi minat masyarakat untuk membudidayakan varietas padi lokal. Hilangnya minat masyarakat membudidayakan varietas padi lokal, dapat mengancam kelestarian varietas padi lokal. Sifat tahan cekaman kekeringan pada padi dikendalikan oleh gen DREB2A. Penelitian tentang Single Nucleotide Polymorphism (SNP) pada gen DREB2A dilakukan untuk memprediksi sifat tahan cekaman kekeringan pada padi. Pelestarian plasma nutfah varietas padi lokal dapat dimulai dengan mencari posisi filogenetik. Posisi filogenetik varietas padi lokal dapat dicari dengan menggunakan marka molekuler gen rbcL. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari varietas padi lokal Jawa Timur yang tahan terhadap cekaman kekeringan menggunakan gen DREB2A dan mengetahui posisi filogenetiknya dengan menggunakan gen rbcL. Varietas padi lokal yang digunakan dalam penelitian ini adalah varietas Berlian, varietas SOJ A3, keduanya dari Banyuwangi, dan varietas Jawa dari Malang. Penelitian ini menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dalam mengamplifikasi gen target. Primer yang digunakan untuk mengamplifikasi gen DREB2A, yaitu forward 5’-CCT CAT TGG GTC AGG AAG AA-3’ dan primer reverse 5’-GGA TCT CAG CCA CCC ACT TA-3’. Primer yang digunakan untuk mengamplifikasi gen rbcL, yaitu forward 5’-ATG TCA CCA CAA ACA GAA AC-3’ dan primer reverse 5’-TCG CAT GTA CCT GCA GTA GC-3’. Hasil amplifikasi gen DREB2A berhasil dilakukan, bila menunjukkan panjang pita sekitar 250 bp dan gen rbcL sekitar 700 bp. analisis data dimulai dengan mengecek sekuen sampel dengan software FinchTV, DNA baser dan BLAST. Analisis data mencari potensi tahan cekaman kekeringan dengan menggunakan sekuen gen DREB2A, menggunakan software Clustal X, BioEdit, BLASTX, Phyre2 dan Pymol. Analisis data mencari posisi filogenetik dengan menggunakan sekuen gen rbcL, menggunakan software MEGA6. Hasil sekuensing memperoleh pita gen DREB2A sepanjang 239 bp (varietas Berlian), 239 bp (varietas SOJ A3), dan 240 bp (varietas Jawa). Sekuen gen rbcL berhasil disekuensing sepanjang 751 bp (varietas Berlian), 755 bp (varietas SOJ A3), dan 754 bp (varietas Jawa). Analisis gen DREB2A varietas padi lokal Jawa Timur, menunjukkan hanya fragmen protein DREB2A varietas Berlian dan varietas SOJ A3, yang berhubungan dengan protein DREB2A pembanding, dan elemen cis-regulator promotor DRE. Berdasarkan hasil analisis terhadap gen DREB2A varietas padi lokal Jawa Timur, diketahui varietas Berlian dan varietas SOJ A3 berpotensi tahan terhadap cekaman kekeringan, sedangkan varietas Jawa tidak. Rekonstruksi pohon filogenetik mengungkapkan sampel varietas padi lokal Jawa Timur membentuk Cluster yang terpisah dari subspesies yang banyak dibudidayakan, Oryza sativa Indica, Oryza sativa Japonica dan Oryza sativa Javanica. Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk memastikan potensi sifat tahan cekaman kekeringan dan posisi filogenetik yang lebih tepat terhadap sampel varietas padi lokal Jawa Timur kami.

Item Type: Thesis (Masters)
Subjects: ?? ??
Divisions: Fakultas Matematika dan IPA (FMIPA) > Jurusan Biologi (BIO) > S2 Biologi
Depositing User: Users 2 not found.
Date Deposited: 10 Jan 2020 04:29
Last Modified: 09 Sep 2020 03:00
URI: http://repository.um.ac.id/id/eprint/108373

Actions (login required)

View Item View Item