Potensi sifat aroma padi berdasarkan gen badh2, serta identifikasi posisi filogenik berdasarkan gen matK pada padi lokal varietas berlian, genjah arum (SOJ A3) dan jawa / Kurniawan Setia Putra

Putra, Kurniawan Setia (2019) Potensi sifat aroma padi berdasarkan gen badh2, serta identifikasi posisi filogenik berdasarkan gen matK pada padi lokal varietas berlian, genjah arum (SOJ A3) dan jawa / Kurniawan Setia Putra. Masters thesis, Universitas Negeri Malang.

Full text not available from this repository.

Abstract

RINGKASAN Putra, K.S. 2018. Potensi Sifat Aroma Padi Berdasarkan Gen badh2, serta Identifikasi Posisi Filogenik Berdasarkan Gen Matk pada Padi Lokal Varietas Berlian, Genjah Arum (SOJ A3) dan Jawa. Tesis, Jurusan Magister Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Malang. Pembimbing: (1) Dra. Dwi Listyorini, M.Si, D.Sc (2) Dr. Suharti, M.Pd, M.Si Kata kunci: padi lokal, badh2, matK, filogenetik Keberadaan metabolit primer dan sekunder terlibat secara langsung dalam pertumbuhan dan aktivitas pertumbuhan tanaman. Tanaman padi memiliki mekanisme dalam mensintesis senyawa metabolit sekunder dengan sifat yang unik, keragaman struktur karbon yang kompleks dan sebagai sumber keanekaragaman aktivitas biologi. Padi beraroma terbentuk dari berbagai macam senyawa volatil dan lebih dari 20 senyawa yang dihasilkan dalam proses metabolit sekunder padi. Senyawa volatil salah satunya adalah 2-acetyl-1-pyrroline (2AP). Senyawa 2-acetyl-1-pyrroline (2AP) merupakan senyawa yang terdapat pada padi beraroma. Sifat aroma padi dikendalikan oleh gen badh2. Gen badh2 yang termutasi tidak akan menghasilkan enzim BADH2 sehingga jalur biosintesis GaBald secara spontan akan menghasilkan senyawa 1- pyrroline, selanjutnya dengan penambahan gugus asetil sebanyak dua akan menghasilkan senyawa 2-acetyl-1-pyrroline. Gen badh2 tidak termutasi akan menghasilkan enzim BADH2 sehingga jalur biosintesis GaBald yang dikendalikan oleh enzim BADH2 akan menghasilkan senyawa GABA. Sifat aroma padi merupakan potensi yang dapat dikembangkan dari varietas padi lokal, sehingga sifat aroma padi kedepannya dapat dikembangkan melalui transfer gen. Keragaman genetik padi lokal dapat digunakan sebagai pemenuhan plasma nutfah agar potensi aroma padi tidak mengalami kepunahan dan erosi genetik. Potensi plasma nutfah padi lokal dapat digunakan untuk mengetahui posisi filogenetik agar informasi genetiknya dapat digunakan untuk pembentukkan padi unggul lainnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengeetahui potensi sifat aroma dan posisi filogenetik padi lokal varietas Berlian, Genjah arum (SOJ A3) dan Jawa. Penelitian ini menggunakan rancangan penelitian deskriptif. Tahapan dari penelitian dimulai pengumpulan sampel, yaitu sampel padi lokal varietas Jawa diambil di daerah Karangploso Malang, padi lokal varietas Berlian diambil di desa Kajaharjo kecamatan Kalibaru dan Genjah Arum (SOJ A3) diambil di desa Sumberbaru kecamatan Singajuruh Banyuwangi. Tahapan penelitian selanjutnya isolasi DNA total menggunakan Macherey Nagel KIT, amplifikasi gen menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR), 4 pasang primer gen matK reverse (5’- ACAAGAAAGTCGAAGTAT-3’), matK forward (5’-TAA TTT ACG ATC AAT TCA TTC-3’), primer badh2 reverse (5’-CATAGGAGCAGCTGAAATATATACC -3’), badh2 forward (5’-TTGTTTGGAGCTTGCTGATG-3’), sekuensing DNA dilakukan dengan metode sanger di 1stBase Malaysia, analisis DNA dengan software DNA baser, clustalX, Biodit, Phyre2, Pymol dan Mega 6. Hasil penelitian menunjukkan bahwa telah berhasil diamplifikasi fragmen gen badh2 ± 250 bp. Urutan DNA ini menunjukkan kemiripan 100% dengan fragmen gen badh2 padi tidak aroma. Sedangkan dibandingkan dengan padi aromatik memiliki nilai yang rendah. Pensejajaran nukleotida menunjukkan varietas Berlian dan padi tidak beraroma memiliki kesamaan yaitu dengan nilai persentasi komposisi A, C, T, dan G masing-masing 22,9% (A), 18,6 (C), 35,7% (T) dan 22,9% (G). pensejajaran nukleotida varietas Berlian dan padi beraroma tidak adanya kesamaan nukleotida dengan nilai persentasi komposisi A, C,T, dan G masing-masing 23,4% (A), 19% (C), 35,1% (T) dan 22,2% (G). Hasil pensejajaran asam amino varietas Berlian dan padi beraroma memiliki berbedaan yang sangat jelas dengan didukung bentuk protein yang berbeda. Selanjutnya hasil penelitian gen matK padi lokal varietas Berlian, Genjah Arum (SOJ A3) dan Jawa teramplifikasi sepanjang 900 bp, memiliki nilai kemiriman 100% dengan fragmen gen matK dengan padi pembanding dan posisi filogenetik padi lokal varietas Berlian, Genjah Arum (SOJ A3) dan Jawa berada dalam spesies yang sama dan membentuk satu claster dengan Oryza sativa indica nomor aksesi KT894763, KT894764, CP012620 dan Oryza sativa japonica dengan nomor aksesi AP014964, AP005483, dan XM02602005.

Item Type: Thesis (Masters)
Subjects: ?? ??
Divisions: Fakultas Matematika dan IPA (FMIPA) > Jurusan Biologi (BIO) > S2 Biologi
Depositing User: Users 2 not found.
Date Deposited: 19 Dec 2019 04:29
Last Modified: 09 Sep 2019 03:00
URI: http://repository.um.ac.id/id/eprint/108372

Actions (login required)

View Item View Item