Watung, Fernando Andre (2019) Analisis keragaman genetik tarsius Sulawesi Tenggara berdasarkan sekuen gen Nicotinamide Adenine Dinucleotide Hydrogen Dehydrogenase Subunit 5 (ND5) DNA mitokondria / Fernando Andre Watung. Masters thesis, Universitas Negeri Malang.
Full text not available from this repository.Abstract
RINGKASAN Watung Fernando Andre. 2019. Analisis Keragaman Genetik Tarsius Sulawesi Tenggara Berdasarkan Sekuen Gen Nicotimamide Adenine Dinucleotide Hydrogen Dehydrogenase Subunit 5 (ND5) DNA Mitokondria. Tesis Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Univesitas Negeri Malang. Pembimbing (1) Prof. Dr. A. D. Corebima M.Pd. (2) Dr. Fatchur Rohman M.Si. Kata kunci keragaman genetik Tarsius Sulawesi Tenggara gen ND5 Tarsius Sulawesi Tenggara merupakan salah satu bagian dari Tarsius tarsier complex yang dapat ditemukan di Kendari (Kabupaten Konawe) Tanjung Paropa Rawa Paopa Puwato Pulau Buton dan Pulau Kabaena. Tarsius di kawasan ini menjadi salah satu tarsius yang belum memiliki nama sehingga menjadi kandidat yang potensial sebagai spesies baru. Status taksonomi maupun konservasi tarsius di kawasan ini belum terlalu jelas belum lagi ditambah lokasi hutan tempat tarsius ini tinggal mengalami keterancaman akibat masih maraknya aktivitas manusia yang menganggu seperti masih maraknya illegal logging untuk mengubah hutan menjadi kawasan industri. Oleh karena itu perlu adanya usaha dan upaya untuk memperjelas status tarsius ini terutama sebagai kandidat spesies baru bahkan terkait status konservarsiya di alam. Penelitian ini bertujuan untuk mengungkap keragaman genetik dan hubungan kekerabatan menggunakan sekuen gen ND5 sebagai penanda genetik di antara tarsius di Sulawesi Tenggara serta beberapa spesies tarsius pembanding dari Genebank. Sampel tarsius diperoleh dari tiga daerah di Provinsi Sulawesi Tenggara yaitu Kabupaten Konawe Utara (1 sampel) Kabupaten Konawe (2 sampel) dan Pulau Buton (1 sampel). DNA sampel diisolasi dan diekstraksi menggunakan Blood Animal Plant Preparation Kit dari Jena Bioscinece. Amplifikasi gen target menggunakan sepasang primer yang diperoleh dari hasil rancangan primer TTG GAT GAT GAC ACG GAC GAA C (ND5_F) dan TGA GTG GAG TAG GGC GGA AAC (ND5_R). Hasil amplifikasi kemudian dilakukan proses sequencing menggunakan ABI genetic analyzer (Applied Biosystem) dengan BigDye Terminator v3.1 cycle sequencing kit. Hasil sequening kemudian dianalisis secara deskriptif. Keragaman sekuen dianalisis menggunakan software MEGA v7 dengan melakukan multiple alignment. Hubungan kekerabatan diperoleh dari data jarak genetik similaritas genetik dan pohon filogenetik dengan metode Neigbour-Joining dan model substitusi Tamura Nei (TN 93) berdasarkan hasil uji fit model (Model Selection) pada software MEGA v7. Hasil yang diperoleh menunjukan bahwa primer yang dirancang dapat mengamplifikasi sekuen gen ND5 tarsius sampel secara parsial dengan panjang 284 nt. Komposisi basa nukelotida gen ND5 diantara tarsius sampel C 29.3% A 29.1% T(U) 26.9% dan G 14.6%. Hasil penjajaran (multiple aligment) dan analisis pada sekuen gen ND5 diantara tarsius sampel ditemukan 25 situs yang bersifat beragam (variable site). Proporsi perbedaan nukleotida diantara tarsius sampel yaitu antara TK1 dengan TK2 5.99% TK2 dan TK3 0% TK1 dengan TB 5.28% dan TK2 dan TB 6.34%. Penterjemahan sekuen nukleotida menjadi asam amino menghasilkan 94 asam amino dengan komposisi Leusin tertinggi (11.70%) dan Lisisn terendah (1.06%). Hasil penjajaran (multiple alignment) dan analisis pada sekuen asam amino ditemukan 6 situs yang bersifat beragam (variable site). Proporsi perbedaan asam amino diantara tarsius sampel yaitu antara TK1 dengan TK2 3.19% TK2 dengan TK3 0% TK1 dengan TB 4.26% dan TK2 dengan TB 3.19%. Pohon filogenetik yang dibangun berdasarkan sekuen parsial gen ND5 menunjukkan terdapat dua cluster besar tarsius yaitu tarsius Sulawesi dan tarsius Sumatera-Kalimantan (C. bancanus) yang bersekutu dengan tarsius Filipina (C. syrichta). Di dalam cluster tarsius Sulawesi terdapat tiga kelompok tarsius yaitu tarsius Sulawesi Tengah (T. lariang T. dentatus dan T.wallacei) tarsius Sulawesi Tenggara (TK1 yang bersekutu dengan TB) dan tarsius Sulawesi Tenggara (TK2 dan TK3). Nilai persentase similaritas genetik dan jarak genetik berkisar antara 75.04-100% dan 0.000-0.242. Nilai persentase similaritas genetik dan jarak genetik antara sampel tarsius Sulawesi Tenggara berkisar antara 93.04-100% dan 0.000-0.070 tarsius Sulawesi Tenggara dengan tarsius Sulawesi Tengah berkisar antara 91.98-96.36% dan 0.056-0.068 tarsius Sulawesi Tenggara dengan C. bancanus antara 78.17-80.14% dan 0.188-0.218 tarsius Sulawesi Tenggara dengan C. syrichta antara 75.78-80.84% dan 0.195-0.242. Hal ini menunjukkan bahwa hubungan kekerabatan antara tarsius Sulawesi Tenggara dan tarsius Sulawesi Tengah lebih dekat dibandingkan hubungan kekerabatan antara tarsius Sulawesi Tenggara dengan tarsius Kalimantan-Sumatera maupun tarsius Filipina. tarsius asal Konawe Utara dan Pulau Buton memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat dibandingkan hubungan kekerabatan antara tarsius asal Konawe dan Konawe Utara atau antara tarsius asal Buton dan Konawe Utara. Sekuen gen ND5 yang dikaji dalam penelitian ini hanya sebatas 284 nt Oleh karena itu diperlukan penelitian dan pengujian lebih lanjut terutama menggunakan sekuen gen ND5 yang lebih panjang ataupun sekuen utuh gen ND5 tarsius untuk mengkonfirmasi lebih lanjut keragaman genetik dan hubungan kekerabatan antara tarsius Sulawesi Tenggara dan tarsius lainnya. Hal ini dilakukan untuk mengkonfirmasi lebih lanjut status taksonomi tarsius Sulawesi Tenggara terutama menyangkut kandidatnya sebagai spesies baru dan juga terkait status konservasinya di alam agar lebih jelas.
| Item Type: | Thesis (Masters) |
|---|---|
| Subjects: | ?? ?? |
| Divisions: | Fakultas Matematika dan IPA (FMIPA) > Departemen Biologi (BIO) > S2 Biologi |
| Depositing User: | library UM |
| Date Deposited: | 17 Dec 2019 04:29 |
| Last Modified: | 09 Sep 2019 03:00 |
| URI: | http://repository.um.ac.id/id/eprint/108371 |
Actions (login required)
 |
View Item |